对于孤高自傲的徐树铮来说,这样一份工作几乎就是对他的侮辱,他立刻就想拍屁股走人。但是命中注定,他遇到了段祺瑞,段祺瑞看过徐树铮的“经武之道”后,大为赞赏,力劝徐树铮留下担任他的幕僚。徐树铮也是日后皖系的“四大金刚”之一,但他对皖系真正的影响,远要比段祺瑞、靳云鹏来得深远,甚至可以说是他一手创建了皖系,构建了皖系“帝国”。
袁世凯在直隶总督的位置上干得风生水起,段祺瑞也没有在山东待太久。1902年,直隶广宗县(今属河北省邢台市)武举出身的景廷宾在巨鹿县(今属河北省邢台市)厦头寺聚众起义,竖起“官逼民反”“扫清灭洋”的大旗,被推为“龙团大元帅”,随后与附近各县的农民联庄会以及鲁、豫边界的义和团力量取得联络,形成了一支横跨直、鲁、豫三省二十四县的起义军,人数也达到了十六万。清军“围剿”起义军不力,接连遭遇大败,不得已,直隶总督袁世凯只得搬出家底,命令段祺瑞即刻由山东开赴直隶,镇压起义军。